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環(huán)球新動(dòng)態(tài):中國(guó)科學(xué)家發(fā)現(xiàn)最小的RNA介導(dǎo)基因編輯工具,為基因治療帶來(lái)新希望

日期:2023-06-30 11:33:06 來(lái)源:中國(guó)日?qǐng)?bào)網(wǎng)


【資料圖】

中國(guó)日?qǐng)?bào)北京6月30日電 2023年6月29日,中國(guó)科學(xué)院動(dòng)物研究所/北京干細(xì)胞與再生醫(yī)學(xué)研究院王皓毅研究員、項(xiàng)光海博士和中國(guó)科學(xué)動(dòng)物研究所張勇研究員團(tuán)隊(duì)合作在 Nature Biotechnology 雜志在線發(fā)表題為Evolutionary mining and functional characterization of TnpB nucleases identify efficient miniature genome editors研究論文,報(bào)道了關(guān)于TnpB基因編輯系統(tǒng)開發(fā)的研究進(jìn)展。

基因編輯技術(shù)(Genome editing)可謂近些年生命科學(xué)領(lǐng)域最重要的發(fā)現(xiàn)之一。該技術(shù)可實(shí)現(xiàn)基因組特定位點(diǎn)的精確修飾,能夠在目標(biāo)基因位點(diǎn)插入、缺失或替換 DNA 序列。因此,基因編輯技術(shù)迅速成為生物學(xué)研究通用的核心技術(shù),方便了科研探索;更重要的是,該技術(shù)還可以直接應(yīng)用于遺傳病的治療、農(nóng)業(yè)、畜牧業(yè)育種改造等方面,成為保障人們生命健康和改善生活質(zhì)量的重要工具。

基因編輯工具最核心的關(guān)鍵是一個(gè)可以人為設(shè)計(jì)使其定位到基因組上特定目標(biāo)位點(diǎn)的蛋白,然后這個(gè)蛋白可以通過不同的效應(yīng)模塊(如核酸酶用來(lái)剪切DNA,脫氨酶用來(lái)實(shí)現(xiàn)單堿基改變,逆轉(zhuǎn)錄酶是用來(lái)實(shí)現(xiàn)小片段DNA的插入等)來(lái)實(shí)現(xiàn)在目標(biāo)基因位點(diǎn)的特定DNA序列改變。

當(dāng)前,最常用的CRISPR-Cas基因編輯系統(tǒng)Cas9和Cas12已經(jīng)較為成熟;在這些系統(tǒng)中,Cas蛋白在特定非編碼RNA的引導(dǎo)下識(shí)別基因組中的目標(biāo)位點(diǎn),進(jìn)而發(fā)揮核酸酶靶向剪切DNA的功能。然而,這些 Cas 蛋白大都超過1000個(gè)氨基酸,超出了基因治療遞送常用載體 AAV(Adeno-associated virus)的承載能力,使得遞送它們進(jìn)入目的細(xì)胞變得很困難。Cas蛋白通過融合脫氨酶或擬轉(zhuǎn)錄酶可以成為更為精確的堿基編輯和引導(dǎo)編輯工具,但融合蛋白尺寸更大,其有效表達(dá)和遞送更為困難。最新研究進(jìn)展發(fā)現(xiàn) Cas12 核酸酶的祖先 TnpB 蛋白尺寸更小,且同樣能在非編碼 RNA(omegaRNA 或 reRNA)引導(dǎo)下切割 DNA,具有和 CRISPR-Cas 系統(tǒng)相似的工作機(jī)制。因此,TnpB有望被開發(fā)為新的微型基因編輯工具,解決實(shí)際應(yīng)用中因蛋白過大而遞送困難的問題。不僅如此,TnpB在目前已知的基因組存在中存在超過百萬(wàn)份拷貝,是一個(gè)尚未被開發(fā)的巨大寶庫(kù)。篩選具有靶向編輯活性的 TnpB 蛋白,無(wú)疑將推進(jìn)基因編輯工具的改良和應(yīng)用。

中國(guó)科學(xué)家們的這項(xiàng)研究創(chuàng)新性地發(fā)現(xiàn) TnpB系統(tǒng)中的關(guān)鍵元件和信息,TnpB蛋白、reRNA和TAM(分別相當(dāng)于CRISPR-Cas系統(tǒng)的Cas9蛋白、gRNA和PAM),可以通過生物信息分析從基因組序列中直接預(yù)測(cè)獲得,從而實(shí)現(xiàn)了基因組中完整基因編輯系統(tǒng)的精確識(shí)別。該工作隨后對(duì) reRNA 骨架以及影響 TnpB 編輯器活性的多方面因素進(jìn)行了全面分析,建立了適用于 TnpB 編輯器的大規(guī)模注釋預(yù)測(cè)和篩選體系?;谠擉w系,該研究進(jìn)一步從原核基因組中挖掘到了迄今發(fā)現(xiàn)的最小的 RNA 介導(dǎo)的基因編輯工具 ISAam1(369個(gè)氨基酸)和 ISYmu1(382個(gè)氨基酸)。其極小的蛋白尺寸不僅能夠適配不同的遞送平臺(tái),而且在與脫氨酶、逆轉(zhuǎn)錄酶等衍生功能模塊融合后仍然較小,可以利用 AAV 遞送。這將有力推動(dòng)在體基因治療的發(fā)展,有望為基因缺陷導(dǎo)致的疾病,如TTR相關(guān)淀粉樣變性病、β地中海貧血及較常見的高膽固醇病等提供更為有效的治療新方案。

另外值得一提的是,本研究發(fā)現(xiàn)的新型基因編輯工具已申請(qǐng)國(guó)際專利,有助于我國(guó)發(fā)展基于基因編輯底層工具的相關(guān)產(chǎn)業(yè)。更為重要的是,本研究為未來(lái)針對(duì)基因組數(shù)據(jù)中數(shù)以百萬(wàn)計(jì)的TnpB位點(diǎn)的高通量挖掘提供了高效通用的平臺(tái),后續(xù)基于這一平臺(tái)的進(jìn)一步挖掘?qū)l(fā)現(xiàn)更多、更好的基因編輯工具,服務(wù)于全人類的健康與生活。

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